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一、参考文献会被查重吗？ 通常呢我们参考文献都是不会参与到论文重复率检测中的，所以也就不需要进行查重。 当你将论文提交到查重系统进行检测时，系统便会自动去识别目录和参考文献然后将这部分剔除掉，不参与到正文的重复率检测。 所以当你提交论文的时候不用手动去删除这部分内容，最好是将所有的文档内容一起提交到系统检测查重，这样检测得到的结果才会准确。 二、参考文献为什么会被标红？ 有的同学进行查重检测后，却发现自己论文当中的参考文献甚至是目录等部分都被标红了，这是怎么会事呢？ 一般会发生这种情况的主要原因就是你所提交的论文格式不规范，论文当中的脚注并非自动插入，参考文献的格式设置等有问题，这样就会导致本不该参与检测的内容会被当成正文内容参与到检测中，这种情况你只需要按照正确的论文格式去重新编辑下就行。
从学术严谨的角度来讲， 论文 中引用的文献资料需要和 参考文献 对应上，这既是对原文作者的尊重，同时也是严谨学术态度的体现，毕竟学术本身就是需要严谨求实的。
如果是毕业论文这种参考文献格式不对，会当成正文一起检测，影响检测结果；如果是要发表，格式不对有可能会被删除；如果是一般论文就看有没有要求参考文献的格式 一般是不会的，不在文章中标识出来的话 ，是查不出来的，因为学校也不知道你到底引用了哪些参考文献。
论文参考文献手动输入对查重影响大吗？ 影响很大，手动输入系统识别不出来的。 只能通过正确的引用方法才能让系统识别出来，不然你引用的地方都会被标红。 首先引用之前要保证几点要求：1、参考文献出自 知网 、万方、维普这类网站，就是你的参考文献出处和你的查重是一个最好，不然可能库里没有，那就查不到。