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新冠疾病作为一种高传染性疾病，对其病原体的检测是诊疗病人的关键。 目前检测传染病的策略包括两点，检测病原体本身，或检测人体为了抵抗病原体而产生的抗体，也就是病原学检测和血清学检测。 例如，在冠状病毒中，针对其刺突糖蛋白，包膜蛋白和核衣壳蛋白的检测，就属于病原学检测中的抗原检测；而针对其基因组RNA的检测则是病原学中的核酸检测。 病毒入侵人体，一般会激活机体的特异性免疫，产生抗体进行抵御，针对这些特异抗体的检测则属于血清学检测。 这里我们从分子生物学的角度，将上述检测类型重新分成核酸检测和蛋白检测（表1）。 不过这里要注意的是，抗原不一定都是抗体，细菌上的脂多糖LPS就不是蛋白。 检测方法上，我们将介绍qPCR、等温扩增和基于CRISPR的三种核酸检测技术。
新型冠状病毒 (2019-nCoV)属于Beta冠状病毒属 (Betacoronavirus)，该病毒是蛋白包裹的单链正链RNA病毒，寄生和感染高等动物（包括人）。 病毒中特异性RNA序列是区分该病毒与其它病原体的标志物，新型冠状病毒出现后，我国科学家已经成功发现了新型冠状病毒中的特异性核酸序列。
由于新型冠状病毒是RNA病毒，试剂盒检测基本都采用反转录加实时聚合酶链式反应法（RT-PCR），扩增病原体的核酸 (RNA) ，同时通过荧光探针实时检测扩增产物。 在PCR反应体系中，包含一对特异性引物以及一个Taqman探针，该探针为一段特异性寡核苷酸序列，两端分别标记了报告荧光基团和淬灭荧光基团。 探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；如反应体系存在靶序列，PCR反应时探针与模板结合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性将探针酶切降解，报告基团与淬灭基团分离，发出荧光。 每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子产生。 荧光定量PCR仪能够监测出荧光到达预先设定阈值的循环数（Ct值）与病毒核酸浓度有关，病毒核酸浓度越高，Ct值越小。
基于抗体与抗原的特异性识别反应，目前已经开放了一系列免疫检测方法，最常见的如Western blot；临床上则多采用胶体金检测试纸。 目前已经有针对新型冠状病毒特异IgM和IgG的检测试纸，用于进一步确认病人的感染情况。